在政府投资或以政府投资为主的建设项目中，行政审计报告可否作为工程造价结算依据，应根据施工合同的约定作出认定。

一是当事人在施工合同中约定以审计机关的审计报告、财政审机构出具的评审结论作为工程价款结算依据，发包人请求依据审计报告、评审结论结算工程价款的，应当遵循当事人缔约本意，将合同约定的工程价款结算依据确定为真实有效的审计结论。承包人提供证据证明审计机关的审计意见具有不真实、不客观情形的，人民法院可以准许当事人补充鉴定、重新质证或者补充质证等方法纠正审计意见存在的缺陷。上述均方法不能解决的，才准许当事人申请对工程造价进行鉴定。

二是若施工合同并未约定以行政机关的审计意见作为工程价款结算依据，则应以施工合同约定的计价原则和标准作为承、发包双方间的工程价款结算依据；若施工合同未约定具体的计价原则和标准，可依据当地最新工程定额标准进行司法鉴定以确定工程结算价款。根据《审计法》的规定，国家审计机关对工程建设单位进行审计是一种行政监督行为，审计人与被审计人之间因国家审计发生的法律关系与承发包双方的民事法律关系性质不同；施工合同及结算协议是平等主体之间的民事法律关系，建设工程是否是国家建设项目、是否进行了行政审计不应影响合同效力，审计机关介入当事人之间的民事法律关系，尤其是将行政审计结论作为工程款结算的依据，必须有当事人明确的合意，否则不应在民事案件的审理中予以采信。